Ketika virus corona baru tiba di Brazil pada bulan Februari, virus tersebut ditemui oleh tim peneliti yang sangat siap dan telah bekerja pada obat penyebab demam berdarah, menguasai teknik pemetaan genetik cepat dan tidak membuang waktu untuk mencoba mengisolasi sampel virus dari virus tersebut. pasien pertama di kota São Paulo. Ketua kelompok ini adalah dr. Ester Sabino, peneliti di Institute of Tropical Medicine, fakultas kedokteran Universitas São Paulo (IMT-FM-USP) dan koordinator Pusat Gabungan Brazil-Inggris untuk Penemuan, Diagnosis, Genomik, dan Epidemiologi Arbovirus (Cadde), mendanai oleh Dewan Penelitian Medis Inggris dan FAPESP. Ketua kelompok ini adalah dr. Ester Sabino, peneliti di Institut Kedokteran Tropis Universitas São Paulo (IMT-FM-USP) dan koordinator Pusat Gabungan Brasil-Inggris untuk Penemuan, Diagnosis, Genomik, dan Epidemiologi (Cadde) Brasil-Inggris, yang didanai oleh Penelitian Medis Inggris Dewan dan FAPESP.
Meskipun dia menyadari bahwa dia mulai menangani virus corona secara kebetulan, ini bukan pertama kalinya Dr. Sabino tidak melakukan pekerjaan seperti ini. Pada awal tahun 1990an, saat bekerja di Adolfo Lutz Institute (IAL) dan Pro Blood Foundation, Dr. Sabino berpartisipasi dalam pengurutan jenis HIV yang ditemukan di Brasil. Pada tahun-tahun berikutnya, ia memimpin kelompok penelitian tentang transfusi darah dan penyakit tropis untuk menindaklanjuti 2.000 orang dengan penyakit Chagas dan 3.000 lainnya dengan anemia sel sabit, yang ia pelajari sejak tahun 2006.
Pengurutan genetik dari virus corona baru ini tiba-tiba membuat para peneliti kelompok tersebut terkenal – dari 27 orang tersebut, 17 orang adalah perempuan dan 14 orang adalah rekan yang didukung FAPESP – dan mereka menjadi orang yang diwawancarai secara rutin di surat kabar, radio, dan televisi selama berminggu-minggu. Namun pekerjaan ini tidak dilakukan dr. Kekhawatiran Sabino terhadap perkembangan epidemi di Brasil tidak kunjung mereda, seperti yang ia jelaskan dalam wawancara berikut.
Menurut Anda, apa yang mungkin terjadi dengan epidemi virus corona di Brasil?
Karena penularan virus ini sangat cepat dan sulit dibendung, hal serupa juga terjadi di Italia dan Inggris. Jumlah kasusnya tidak dapat diperkirakan, namun kita masih punya waktu sebelum epidemi ini menjadi semakin rumit. Puncaknya diperkirakan terjadi antara akhir April dan awal Mei, yang merupakan musim puncak penyakit pernapasan di Brasil. Saya harap hal ini tidak juga menambah peningkatan kasus demam berdarah karena akan menimbulkan kekacauan total.
Kita berada di tengah-tengah epidemi demam berdarah yang besar (182.000 kasus di negara ini, termasuk 61.000 di negara bagian São Paulo, dan 32 kematian pada bulan Januari hingga awal Maret 2020). Kita perlu belajar dari apa yang dilakukan negara-negara lain dan melihat waktu terbaik untuk menutup sekolah, museum, dan ruang publik lainnya, sehingga kita tidak terus membuka dan menutup sampai bahayanya selesai. Sulit untuk menentukan momen untuk mengambil tindakan yang lebih drastis, dan bahkan lebih sulit lagi jika virus tersebut adalah virus baru yang tidak Anda kenal dengan baik.
Inggris sudah mulai menghentikan penyebaran virus ini, namun kasusnya lebih banyak dibandingkan Brasil. Italia sudah berhenti. Masalah terbesar adalah rumah sakit.
Mengapa demikian?
Sebab mereka bisa menjadi fokus penularan virus. Di Wuhan, Tiongkok, banyak orang yang terinfeksi pergi ke rumah sakit dan menularkan virus tersebut kepada orang lain. Oleh karena itu penting untuk tidak pergi ke rumah sakit tanpa keadaan darurat. Tidak ada sistem layanan kesehatan di dunia yang dapat menangani begitu banyak orang sekaligus. Banyak yang meninggal di Tiongkok karena tidak ada dokter atau ventilator yang bisa merawat semua orang sekaligus. Kebanyakan orang menderita flu, yang hilang dalam beberapa hari. Kita hanya boleh meninggalkan rumah sakit untuk kasus-kasus yang paling serius.
Bagaimana Anda bisa mengurutkan genom dari dua kasus pertama virus corona di Brasil hanya dalam dua hari?
Kami dapat melakukan hal ini terutama karena pengorganisasian pekerjaan. Teknologi pengurutan gen cepat telah tersedia sejak epidemi Ebola di Afrika pada tahun 2013. Kami belajar dari epidemi Zika pada tahun 2016, dari Nick Loman, dari Universitas Birmingham, Inggris. Karena kami membutuhkan sampel virus yang baik, Ingra Morales Claro—seorang Ph.D. siswa yang saya awasi dan baru saja lulus—pergi ke Ribeirão Preto dan mengumpulkan 100 sampel dari pasien yang diduga mengidap Zika, 16 di antaranya dinyatakan positif.
Saat ini epidemi telah berakhir. Nick (Loman) membawa reagen dan sequencer portabel, MinIon, untuk melihat apakah primer yang dia siapkan dapat digunakan dengan sampel di sini. Kemudian Nick dan Luiz Alcântara, dari Fiocruz di Bahia, melakukan perjalanan bersama tim mereka melalui Timur Laut untuk melihat apakah teknik ini dapat digunakan di lapangan. Itu berhasil.
Kita tidak hanya dapat mendeteksi virus yang sudah kita kenal, tetapi kita juga dapat mengidentifikasi agen yang tidak diketahui melalui teknik yang disebut metagenomics. Sejak 2016, kami telah melatih orang-orang untuk menggunakan teknik ini. Ingra menghabiskan enam bulan di Birmingham dan kami mengajar banyak kursus. Untuk virus corona, kami berupaya mengadaptasi primer dan mengurangi biaya, dari USD 500 (BRL 2.200) menjadi USD 20.
Bagaimana kamu melakukannya?
Dengan memproses lebih banyak sampel dalam satu waktu. Sebelumnya kami hanya membuat satu sampel, sekarang menjadi 20 sampel sekaligus. Kami mengurangi waktu untuk setiap analisis dan kami dapat menggunakan sel aliran lebih banyak. Dengan teknik ini, kami mulai bekerja sama dengan Adolfo Lutz Institute dalam pengurutan virus demam berdarah pada akhir tahun 2019. Ketika virus corona muncul di Tiongkok, Nick membuat primernya, mengirimkannya ke Tiongkok dan juga ke kami. Kami melihat bahwa kami harus menemukan kekuatan untuk mengikuti virus corona. Peran universitas juga adalah mengembangkan teknologi bagi otoritas kesehatan, sehingga segala sesuatunya dapat berjalan dengan cepat, terutama pada saat krisis.
Seberapa besar peran Adolfo Lutz Institute (IAL)?
IAL melakukan segalanya. Kami hanya membantu dan akan membantu lebih banyak jika mereka membutuhkannya. Tim Claudio Sacchi di IAL telah mengurutkan kedua virus corona tersebut – dan akan melakukan hal berikut. Kami hanya membawa laptop karena programnya bekerja lebih baik. Pada hari Rabu setelah liburan Karnaval, Sacchi menerima sampel virus dari pasien pertama dan menelepon Jaqueline Goes de Jesus, yang sedang melakukan pekerjaan pasca doktoral di laboratorium saya, dan mereka mulai bekerja.
Setiap seri di MinIon membutuhkan waktu 24 jam.
Yang pertama kurang bagus, mungkin karena ada masalah dengan pengenceran primer, dan mereka membuat yang lain. Yang kedua berhasil. Pada hari yang sama, kami mengirimkan data urutan ke repositori publik, mengikuti rekomendasi Organisasi Kesehatan Dunia untuk membuka hasil ilmiah. Nuno Farias, dari Oxford, melakukan analisis komparatif dengan genom virus corona lainnya.
Dan apa peran Anda?
Saya tidak ikut secara langsung, tapi saya memantau pengerjaannya. Ketika saya sudah siap, alih-alih langsung berpikir untuk menulis artikel ilmiah, saya dan Nuno membuat abstrak yang dipublikasikan di Virology.org. Dua hari kemudian, dengan virus kedua, Sacchi dan Jaqueline ingin melakukannya dalam waktu 24 jam dan mereka berhasil. Saat itu hari Sabtu, 29 Februari, dan mereka selesai bekerja pada jam 3 pagi. Dari laboratorium saya yang paling banyak terlibat adalah Jaqueline dan Ingra yang juga mendapat beasiswa dari FAPESP.
Jaqueline menggunakan teknik – MinIon – yang ditingkatkan dan digunakan Ingra untuk metagenomik, tetapi semua postdocs, Ph.D. dan bantuan tuan. Saya selalu mengatakan kepada mereka untuk tidak sendirian dalam proyek mereka dan mengambil kesempatan untuk mempelajari hal-hal baru. Partisipasi semua orang, bekerja dalam tim, merupakan hal mendasar untuk mewujudkan segala sesuatunya.
Apa manfaat data urutan genetik virus?
Dengan urutan genetik—dan sudah ada lebih dari 250 di Gisaid—kami dapat melihat kesamaan antara virus-virus yang diidentifikasi di lebih dari 100 negara tempat virus tersebut ditemukan. Informasi ini dapat membantu, terutama pada tahap awal, untuk mengarahkan tindakan kesehatan dengan mengidentifikasi wabah yang menjadi sumber penularan dan melakukan tindakan pencegahan, dengan melakukan isolasi di tempat umum.
Tapi kami hanya bisa melakukan ini jika kami bisa mendeteksi kasus dengan cepat. Ini tidak mudah. Saat ini, sebagian besar kasus di Brazil berasal dari negara lain, namun mereka dapat menyebarkan epidemi. Kita juga perlu melihat bagaimana kasus-kasus penularan lokal akan dimasukkan, jika memang ada.
Bagaimana Anda tiba-tiba menjadi terkenal karena rangkaian virus corona?
Gadis-gadis di lab menyukainya, tapi saya takut akan ketertarikan pada pekerjaan kami. Visibilitas telah diperluas karena Hari Perempuan Internasional. Kami menghentikan segalanya untuk memenuhi permintaan wawancara. Saya mulai melihat pers sebagai bagian dari pekerjaan. Suatu hari seorang politisi bertanya kepada saya penelitian apa yang kami lakukan di Universitas São Paulo. Nah, jika Anda tidak tahu, itu salah kami. Kami tidak berkomunikasi dengan baik.
Dan Pusat Gabungan Brasil-Inggris untuk Penemuan, Diagnosis, Genomik, dan Epidemiologi Arbovirus (Cadde), proyek apa lagi yang pernah melibatkan mereka?
Pemetaan kasus demam berdarah di negara bagian São Paulo hampir siap. Kami sedang menyelesaikan analisis terhadap seribu genom virus demam kuning dan mengumpulkan nyamuk di Serra da Mantiqueira, bersama IAL, dan di hutan Vale do Ribeira, bersama Fakultas Kesehatan Masyarakat, untuk melihat apakah virus ini terus menyebar. hidup, seperti di Amazon, atau sudah menghilang. Mungkin hal ini akan berlanjut jika ada inang lain yang tidak mati karena virus tersebut.
Apa yang Anda lakukan sebelum dipekerjakan di Universitas São Paulo pada tahun 2011?
Pada tahun 1986, setelah menyelesaikan program residensi medis, saya dipekerjakan oleh Bagian Hepatitis dan AIDS di IAL dan menjalankan tugas pediatrik. Saya memulai studi S2 saya di bidang kusta, tapi kemudian saya pindah ke bidang AIDS. Saya memenangkan hibah Fogarty Foundation dan menghabiskan dua tahun di San Francisco mempelajari biologi molekuler dan cara bekerja dengan cepat. Saya kembali bekerja di Pro Blood Foundation dan melanjutkan ke IAL, tempat saya keluar pada tahun 1996.
Pada tahun 2006, saya memulai sebuah proyek tentang penyakit yang ditularkan melalui darah dengan Institut Kesehatan Nasional AS, yang masih berjalan hingga saat ini. Pada tahun 2012, setelah bergabung dengan Universitas São Paulo, saya mulai bekerja dengan staf dari Oxford untuk mengetahui apakah dan bagaimana virus demam berdarah dapat ditularkan melalui darah. Namun pekerjaan saya yang paling penting adalah penyakit Chagas. Dalam salah satu temuan terbaru, kami menunjukkan bahwa sekitar 15 persen orang yang terinfeksi sembuh secara spontan.
Penyakit ini masih serius, namun merupakan fakta menarik yang mengubah pemahaman tentang riwayat alami penyakit ini. Saya secara tidak sengaja mulai bekerja dengan virus corona, namun saya berharap dapat membantu menghentikan epidemi ini.